F1 – Archeologijos ataskaitos, planai, negatyvai
F2 – Archeologijos medžiaga
F3 – Archeologijos skyriaus veiklos dokumentai
F4 – Istorinių šaltinių vertimai ir kopijos
F5 – Mikrofilmai
F6 – Disertacijos
F7 – Ona Kuncienė
F8 – Instituto planiniai darbai
F9 – Akad. Juozas Jurginis
F10 – Prof. Leonas Mulevičius
F11 – Dr. Egidijus Banionis
F12 – Lietuvių atgimimo istorijos studijų archyvas
F13 – Rezistencinė spauda: karo ir pokario metai
F14 – Atsišaukimai, skelbimai ir laikraštėliai (1905 - 1944)
F15 – LTSR Užsienio reikalų ministerijos dokumentų kolekcija
F16 – Hab. Dr. Regina Žepkaitė
F17 – Nuotraukos ir ikonografija
F18 – Kartografija
F19 – Varia
F20 – Žuvusiųjų vardyno anketos
F21 – Prof. Vytautas Merkys
F22 – Prof. Antanas Tyla
F23 – Dr. Bronius Nemickas
F24 – Prano Eidukaičio archyvas
F25 – Prof. Regina Merkienė
F26 – Dr. Izidorius Butkevičius
F27 – Etnologijos skyriaus veiklos dokumentai
F28 – Prof. Adolfas Šapoka
F29 – Instituto mokslinės veiklos dokumentai
F30 – Lenkijos lietuvių draugijos Vroclovo skyriaus archyvas
F31 – Antanas Terleckas
F32 – Dr. Algirdas Baliulis
F33 – Prof. Vanda Kašauskienė
F34 – Dr. Zigmantas Kiaupa
F35 – Marcelė Kubiliūtė
F36 – Vladas Pryšmantas
F37 – Akad. Antanas Buračas
F38 – Fotografas Kazimieras Vainoras
F39 – Lietuvos istorijos draugijos archyvas
F40 – Istorikas Juris Kalvė
F41 – Gimnazijų laikraštėliai
F42 – Romualdas Ozolas
F43 – Jonas Bortkevičius
F44 – Hab. Dr. Vytautas Kazakevičius
F45 – Mojsej Aronson
F46 – Dr. Raimundas Lopata
F47 – Hab. Dr. Alfonsas Eidintas
F48 – Hab. Dr. Juozas Kudirka
F49 – Dr. Edmundas Rimša
F50 – Leonidas Žilevičius
F51 – XX a. 8 - ojo ir 9 - ojo deš. antisovietinio pogrindžio dokumentai
F52 – Kazys Škirpa
F53 – Istorikas Gintaras Šidlauskas
F54 – Prelato Mykolo Krupavičiaus ir LKDS dokumentai
F55 – Archeografijos skyriaus dokumentai
F56 – Dr. Česlovas Laurinavičius
F57 – Archeologas Vytautas Daugudis
F58 – Dr. Rimantas Miknys
F59 – Dr. Sigita Noreikienė
F60 – Lietuvos archeologijos draugija
F61 – Dr. Saulius Grybkauskas
F62 – Zbignevas – Kazimieras Laurinaitis – Lavrynowicz
F63 – Vytenis Andriukaitis
F64 – LDK istorijos skyriaus dokumentai (skyriuje)
F65 – Užsienyje esančios lituanistinės medžiagos archyvas
F66 – Vilius Ivanauskas
F67 – Kompaktiniai diskai
F68 – Habil. Dr. Alvydas Nikžentaitis
F69 – Dr. Antanas Daniliauskas
F70 – Egidijus Bičkauskas
F71 – Dr. Ieva Šenavičienė
F72 – Fribūro universiteto lietuvių studentų draugija „Rūta“ ir „Lituania“
F73 – Etnologijos fondas
F74 – Archeologas Algirdas Varnas
F75 – Leidybos dokumentai
F76 – Geologas Antanas Pečkaitis
F77 – Lietuvos Nepriklausomybės Gynimo Sausio 13-osios Brolija
F78 – Jurgis Lupeikis
F79 – Geodezininkas kartografas Jonas Deksnys
F80 – Dr. Feliksas Sliesoriūnas
F81 – Archeologinės nuotraukos
F82 – Dr. Janina Morkūnienė

F83 – Eugenijus Svetikas