Lietuvos istorijos instituto mokslinės veiklos kryptys yra nustatytos Lietuvos istorijos instituto įstatuose, kuriuos tvirtina Lietuvos Respublikos Vyriausybė.
Lietuvos istorijos instituto mokslinės veiklos kryptys:
- Lietuvos visuomenės ir valstybės raida iki XXI amžiaus pradžios (istorija, istoriografija, pagalbiniai istorijos mokslai ir kita. );
- Lietuvos archeologija, proistorės tyrimai;
- Lietuvos etnologija: kultūrinis, socialinis ir teritorinis tapatumas;
- Lietuvos istorijos šaltinių(Lietuvos Metrikos ir kitų) tyrimas ir skelbimas;
- Lietuvos miestų atsiradimas ir raida (istorija ir archeologija).
