Institute vykdomos ilgalaikės mokslinės programos:

1. „Žmogus ir gyvensena priešistorinių ir ankstyvųjų istorinių laikų Lietuvoje: tęstinumas ir kaita“ (2022–2026)

2. „Konflikto genealogija modernėjančioje visuomenėje. Lietuvos atvejis (XIX–XX a.)“ (2022–2026)

3. „Lietuvos (LDK) valstybingumo istorinė raida europos kontekste (XIII–XVIII a.)“ (2022–2026)

4. „Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės istorijos šaltinių tekstai, kontekstai ir interpretacijos“ (2022–2026)

5. „Tautinė ir / ar klasinė tapatybė XX a. Lietuvoje: nuo politinių trajektorijų iki asmeninių išgyvenimų“ (2022–2026)

6. „Nuo asmens prie bendruomenės: Lietuvos metrikos ir kitų reikšmingų LDK istorijos šaltinių tyrimai“ (2022–2026)

Kitos programos:

1. Lietuvos istorija ir kultūra per pagalbinių istorijos mokslų prizmę (2022–2026)
2. Vilniaus miesto raida XIII – XX a. vid.: gyventojų bendruomenės, miesto erdvinė plėtra ir savivalda (2022–2026)
3. Krizių iššūkiai: bendruomeniškumas palyginamuoju požiūriu (2022-2026)
4. Lietuvos užsienio politika ir diplomatija XX amžiuje: problemos ir iššūkiai (2022–2026)

Įvykdytos kitos programos:

1. Pagalbiniai istorijos mokslai (2014 – 2019) (dr. R. Čapaitė)
2. Vilniaus istorija. Sintezė (2017 – 2021) (dr. G. Sliesoriūnas)
3. Laisvalaikis, šventės ir ritualai Vilniaus apylinkėse. Socialiniai ir kultūriniai aspektai (2017 – 2021) (dr. Ž. Šaknys)
4. Etniškumo ir nacionalumo pažinimas (2017 – 2021) (dr. V. Savoniakaitė)

Įvykdytos programos:

• XIX amžiaus sociokultūrinis laukas: visuomenės grupės, asmenybės, institucijos (2017-2021, bendra Lietuvos istorijos instituto ir Lietuvos kultūros tyrimo instituto programa) (habil. dr. T. Bairašauskaitė)
• Lietuvos Didžioji Kunigaikštystė: valdžia, luomas, individas (XIV–XVIII a. istorijos slinktys (2017-2021) (dr. R. Šmigelskytė-Stukienė)
• Lietuvos Metrikos ir kitų Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės istorijos šaltinių tyrimas (2017-2021) (dr. A. Dubonis)
• Tūkstantmečiai iki valstybės. Priešistorinių bendruomenių daugiasluoksniai tyrimai (2017-2021) (dr. L. Kurila)
• Vėluojanti tauta – 2: Lietuvių modernizacijos problemos (2017-2021) (dr. Č. Laurinavičius)
• Lietuvos Metrikos ir kitų istorijos šaltinių tyrimas ir publikavimas (2012–2016) (dr. A. Dubonis)
• Vėluojantis nacijos formavimasis: lietuvių atvejis? (2012–2016) (dr. Č. Laurinavičius)
• Vilniaus istorija. Tyrimai (2012–2016) (dr. Z. Medišauskienė)
• Visuomenės struktūros, socialinė sąveika ir jos poveikis valstybės raidai (naujieji laikai) (2012–2016) (habil. dr. T. Bairašauskaitė)
• Socialinė sąveika ir kultūrinė raiška mieste: laisvalaikis, šventės ir ritualai (2012–2016) (dr. Ž. Šaknys)
• Priešistorinės ekonomikos ir technologijų tyrimai (2012–2016) (dr. V. Juodagalvis)
• Geležies amžiaus bendruomenės. teritoriniai, socialiniai ir ideologiniai ryšiai (2012–2016) (dr. A. Strimaitienė)
• „Savas“ ir „kitas“ Lietuvoje: socialinės struktūros, kultūra, tapatybė (2012–2016) (dr. Vida Savoniakaitė)
• Atminties kultūra Lietuvoje. D. 1 (2009-2013 m. ) (habil. dr. A. Nikžentaitis)
• Lietuvių etninės kultūros atlasas. Papročiai. D. 2. (2007–2011) (doc. dr. Ž. Šaknys)
• Tapatybė erdvėje ir laike: lokalios bendruomenės (2007-2011) (dr. V. Savoniakaitė)
• Pagalbiniai istorijos mokslai (tęstinė, 2007-2011) (doc. dr. E. Rimša)
• Lietuva Europoje: kultūrinės sąveikos archeologiniais duomenimis (2007-2011) (doc. dr. V. Šimėnas)
• Lietuvos krikščioniškoji dvasininkija ir 1863 m. sukilimas (2004-2008) (habil. dr. A. Prašmantaitė)
• Lietuvos miestų socialinė topografija XIV-XX a. D. 1. (2004-2008) (dr. G. Vaitkevičius)
• Pagalbiniai istorijos mokslai (2002-2006) (dr. E. Rimša)
• Kultūrinių ir socialinių procesų dinamika: etnografinis ir etnologinis tyrimas (2002-2006) (dr. A. Čepaitienė)
• Lietuvių etninės kultūros atlasas. Papročiai. D. 1. (2002-2006) (dr. Ž. Šaknys)
• Centras – periferija: kultūrinių įtakų kryptys (2002-2006) (dr. G. Zabiela)
• Regioniniai baltų kultūros modeliai: procesų dinamika vėlyvajame geležies amžiuje (2002-2006) (dr. I. Vaškevičiūtė)
• Lietuva Antrajame pasauliniame kare. (2001-2010) (dr. Č. Laurinavičius)
• Lietuvos Metrikos ir kitų istorijos šaltinių tyrimas ir leidyba (2001-2010) (dr. A. Dubonis)
• Lietuvos visuomenės modernizacija ir etniniai konfliktai (Nedominuojančios etninės bendruomenės Lietuvoje XIX a. – XX a. pirma pusė. Iki 1940 m.) (2001-2010 m.) (dr. V. Sirutavičius)
• Lietuvos istorija (2001–2011) (doc. dr. J. Kiaupienė)
• Akmens ir žalvario amžiai Lietuvoje (1999-2008) (habil. dr. A. Girininkas)
• Lietuvos istoriografijos paminklai D. 1. (1998-2009) (habil. dr. I. Lukšaitė)
• Lietuvos konfesinė kultūra XIX-XXa. (tarp universalizmo ir tautiškumo) (1998-2003) (dr. R.Laukaitytė)