Instituto įsikūrimo ištakos. Pradžia.
Lietuvos istorijos, Lietuvių kalbos bei Lietuvių literatūros ir tautosakos institutams pradžią davė Antano Smetonos Lituanistikos institutas, veikęs 1939.03.01–1941.01.16. Viešas Lituanistikos instituto atidarymas įvyko 1939 m. kovo 9 d. Kaune, Valstybės Tarybos salėje. Institutą steigiant buvo numatyta laikytis šių veiklos gairių:
- tirti lietuvių kalbą, lietuvių tautosaką ir Lietuvos praeitį;
- rinkti, tvarkyti ir skelbti lietuvių kalbos, lietuvių tautosakos ir Lietuvos istorijos medžiagą ir šaltinius;
- atstovauti lituanistikos mokslams Lietuvoje ir užsienyje.
Institute veiklos pradžioje įkurti trys skyriai: Lietuvių kalbos (ved. prof. Antanas Salys), Lietuvos istorijos (ved. prof. Ignas Jonynas) ir Lietuvių tautosakos (ved. dr. Jonas Balys). Lietuvos istorijos skyrių sudarė Proistorės, Archeografijos ir Istorijos sekcijos. Buvo sukauptas periodikos fondas, katalogai, šiek tiek rankraščių. Skyriuje dirbo Vilniaus universiteto istorikai Ignas Jonynas, Zenonas Ivinskis, Adolfas Šapoka ir nesusiję su šia aukštąja mokykla Juozas Stakauskas, Vincas Trumpa, Konstantinas Avižonis, Simas Sužiedėlis. 1939–1940 m. veiklos rezultatai buvo paskelbti naujai pradėto leisti istorijos mokslo žurnalo „Lietuvos praeitis” 1-jame numeryje.
Sovietmetis ir Nepriklausomybės atkūrimo laikotarpis
Institutą sovietinė valdžia uždarė ir vietoje jo įkūrė Lietuvos Mokslų Akademiją. Istorijos ir archeologijos (Istorijos) institutas įsteigtas 1941 m. Lietuvos mokslų akademijos Humanitarinių mokslų skyriuje. Pirmuoju direktoriumi 1941 m. balandžio 25 d. patvirtintas Konstantinas Jablonskis. Vokiečių okupacijos laikotarpiu Institutas nevykdė veiklos. 1945 m. Institutas buvo atkurtas Lietuvos Mokslų Akademijos Prezidiumo nutarimu.
1988 m. Lietuvos istorijos institute buvo įsteigtas Pilių istorijos skyrius, kuris 1993 m. pertvarkytas į savarankišką Pilių tyrimo centrą „Lietuvos pilys“. Nuo 1990 m. balandžio 9 d. Lietuvos MA Istorijos institutas vadinamas Lietuvos istorijos institutu. 1991 m. birželio 21 d. Lietuvos istorijos institutas įregistruotas kaip savarankiška valstybinė mokslo įstaiga. 1993 m. gruodžio 17 d. Lietuvos istorijos institutas kartu su kitais Valstybiniais mokslo institutais sudarė mokslo ir studijų Asociaciją su Vytauto Didžiojo universitetu. Lietuvos istorijos institutui ir Vytauto Didžiojo universitetui 1998 m. balandžio 14 d. atnaujinta teisė teikti humanitarinių mokslų srities istorijos ir etnologijos krypties daktaro mokslo laipsnius. 1998 m. liepos 20 d. Institutui suteikta teisė teikti istorijos krypties habilituoto daktaro mokslo laipsnį. 2011 m. birželio 8 d. Švietimo ir mokslo ministro įsakymu Nr.V-1019 Institutui kartu su partnerinėmis institucijomis suteikta doktorantūros teisė istorijos ir etnologijos mokslo kryptyse.
Šiandieninis institutas
Šiuo metu Lietuvos istorijos institute veikia septyni mokslo skyriai: Archeografijos (ved. dr. R. Jurgaitis), Archeologijos (ved. dr. L. V. Kurila), Etnologijos ir antropologijos (ved. dr. V. Savoniakaitė), LDK istorijos (ved. dr. G. Sliesoriūnas), XIX a. istorijos (ved. dr. V. Pugačiauskas), XX a. istorijos (ved. dr. V. Stravinskienė), Miesto tyrimo (ved. S. Sarcevičius). 2021 m. gruodžio 31 d. duomenimis institute dirbo 101 darbuotojas, iš jų 76 mokslo darbuotojai: 69 mokslininkai, 7 kiti tyrėjai, 22 MTEP (mokslinių tyrimų ir eksperimentinės veiklos) darbuotojai. Iš 69 šiuo metu dirbančių mokslininkų – 28 moterys ir 41 vyras. Institute studijuoja 36 Istorijos ir archeologijos (H 005) bei Etnologijos (H 006) mokslų krypties doktorantai. 2021 m. pradžioje Lietuvos istorijos instituto bendruomenė minėjo 80 metų veiklos jubiliejų.
Dabartinės instituto veiklos prioritetai apima:
1. Lietuvos visuomenės socialinės ir technologinės raidos priešistorėje tyrimus, socialinių grupių bei bendrijų tapatybės tyrimus; etniškumo ir nacionalumo raišką besikeičiančioje XXI amžiaus visuomenėje tyrimus;
2. Naujųjų ir Naujausių laikų Lietuvos visuomenės socialinių struktūrų ir socialinių grupių sociakultūrinės raidos tyrimus; modernios lietuvių tautos formavimosi socialinių prielaidų tyrimus; Lietuvos valstybingumo raidos tyrimus;
3. Vilniaus istorijos tyrimus ir daugiatomės Vilniaus istorijos rengimą; Lietuvos Metrikos bei kitų Lietuvos valstybės ir visuomenės šaltinių tyrimus bei skelbimą.
Lietuvos istorijos instituto direktoriai:
1941 m. balandžio–birželio mėn. – teisininkas, teisės istorikas, akademikas Konstantinas Jablonskis; 1946–1948 m. – istorikas, teisininkas, kraštotyrininkas Povilas Pakarklis; 1948–1970 m. – istorikas, lituanistas, pedagogas Juozas Žiugžda; 1970–1987 m. – istorikas Bronius Vaitkevičius; 1987–1992 m. – istorikas Vytautas Merkys; 1992–1999 m. – istorikas, visuomenės veikėjas Antanas Tyla, 1999–2000 m. – istorikas Edmundas Antanas Rimša; 2000–2008 m. – istorikas Alvydas Nikžentaitis; 2008–2019 m. – Rimantas Miknys, nuo 2019 m. rugpjūčio mėn. – istorikas Alvydas Nikžentaitis.